Open Data als Werkzeug der Wissenschaft

Mit Open Science gemeinsam gegen Viren

| Autor: Manfred Klein

Open Data macht's möglich – Rekonstruierter Stammbaum der Genome von 1654 Ebola-Viren mit dazugehöriger geographischer Ausbreitung der Infektion
Open Data macht's möglich – Rekonstruierter Stammbaum der Genome von 1654 Ebola-Viren mit dazugehöriger geographischer Ausbreitung der Infektion (Bild: Richard Neher, Trevor Bedford)

In den letzten Jahren kam es immer wieder zu Virus-Epidemien wie Ebola oder zuletzt Zika. Schnelles, gezieltes Vorgehen ist der Schlüssel, um solche Epidemien einzudämmen. Die Auswertung von Daten in Echtzeit kann Gesundheitsbehörden dabei helfen.

Virusinfektionen sind ein weltweites Gesundheitsproblem. Influenzaviren verursachen geschätzt zwischen 250.000 und 500.000 Todesfälle pro Jahr und das derzeit kursierende Zikavirus ist verantwortlich für zehntausende Fehlbildungen bei Ungeborenen. Gesundheitsbehörden können nur effektiv intervenieren, wenn ausreichende Informationen zur Epidemiologie der Viren bekannt sind.

Die Analyse von Genomsequenzen kann die Evolution und Epidemiologie solcher Viren aufdecken. Dazu müssen aber verschiedene Gruppen, Wissenschaftler oder Krankenhäuser zeitnah ihre Sequenzdaten zur Verfügung stellen, denn nur aus vielen Daten kann ein aktuelles Gesamtbild berechnet werden.

Dr. Richard Neher vom Max-Planck- Institut für Entwicklungsbiologie und Dr. Trevor Bedford vom Fred Hutchinson Cancer Research Center wollen daher eine Online-Plattform schaffen, die einen schnellen Austausch und die Analyse der Daten ermöglicht. Damit haben sie die erste Phase der Open Science Prize Challenge gewonnen. Diese Initiative fördert Projekte, einen offenen Austausch und die Analyse von Daten in der biomedizinischen Forschung vorantreiben.

Neher und Bedford haben eine Software entwickelt, die den Verwandtschaftsgrad der Viren anhand der spontanen Mutationen, die bei Viren auftreten, rekonstruiert. Daraus lässt sich ein Stammbaum erstellen, der den aktuellen Verlauf einer Infektion abbildet. „Die Software kombiniert Daten verschiedener Orte und Forschungsgruppen. Die Genomsequenz einer neuen Probe kann innerhalb von 24 Stunden in unsere Auswertung integriert werden“, sagt Neher. Für das Influenzavirus haben die beiden Wissenschaftler schon eine solche Software entwickelt (www.nextflu.org). Jetzt wollen sie diese auch für andere Viren erweitern.

Der Quellcode unterliegt einer freien Dokumentationslizenz, sodass die Software auch von anderen Wissenschaftlern genutzt und in Zukunft für weitere Krankheiten angepasst werden kann.

Über die Plattform können Gesundheitsbehörden dann wichtige und aktuelle Informationen zur Ausbreitung einer Virusinfektion abrufen. Mithilfe der Software können die Verantwortlichen nachvollziehen, in welchen geographischen Regionen sich die Viren gehäuft vermehren und welche Übertragungsketten es gibt. So können sie gezielte Maßnahmen zur Eindämmung von Infektionen treffen, etwa durch ein Vorgehen gegen Mücken, die die Viren übertragen.

Außerdem kann die Software Mutationen im Virusgenom analysieren. Das hilft Wissenschaftlern dabei, die Mutationen zu identifizieren, die für die Auslösung der Erkrankung und die Übertragung der Viren verantwortlich sind.

Ergänzendes zum Thema
 
Der Wettbewerb

Die Plattform soll Forschungsgruppen motivieren, ihre Daten schnell zu teilen. „Ich denke, dass bei der Bekämpfung von Krankheitsausbrüchen Open Science und Datenaustausch viel bewirken kann. Wir wollen eine Plattform bieten, die Einblick in Daten gewährt, ohne dem Urheber der Daten die Anerkennung der Erstveröffentlichung zu nehmen“, sagt Bedford.

Die neue Plattform wird über öffentlich verfügbar sein.

Kommentar zu diesem Artikel abgeben
irgendwie ist es schade, dass es immer so viele verschiedene/ dezantral organisierte Projekte,...  lesen
posted am 15.05.2016 um 16:00 von Unregistriert


Mitdiskutieren
copyright

Dieser Beitrag ist urheberrechtlich geschützt. Sie wollen ihn für Ihre Zwecke verwenden? Infos finden Sie unter www.mycontentfactory.de (ID: 44056127 / Informationssysteme)